基本的にはセルフケアがきちんとできないうちは、それ以上のどのような治療を行っても効果が得られません。ただし、ブラッシングやスケーリングなどがどうしてもできない位置の細菌の除去には、歯周外科処置を行うこともあります。

最近では、薬を併用した治療も行われていますが、基本は歯周ポケット内の縁下プラーク、縁下歯石を器具で機械的に除去することで必ずよくなります（歯周基本治療：別名 原因除去療法）。治療が成功すると歯周ポケットが浅くなり、出血がしなくなります。